臭氧消毒操作簡單、水溫無波動、投入成本與運營成本低。濃度很低的臭氧（0.1~0.2mg/L）可將微生物生長控制到1CFU/100ml，臭氧的消毒加入不要通過噴淋球，防止臭氧過快分解。

臭氧消毒時回水點臭氧濃度升到大于0.2mg/L，時間約20~45分鐘，再循環20分鐘消毒完成，排掉純化水罐內純化水，啟動純化水設備把純化水罐產滿水，開啟回水不合格閥，關閉回水合格閥，開啟供水泵把循環管道內消毒后純化水全部擠出后，分配系統停機，把純化水罐內水排掉，系統開為自動運行，取樣檢測回水臭氧濃度為零可以用水(如果有臭氧把這罐純化水再排掉）。

國際臭氧協會：0.1mg/L，人體接觸10小時，中國：0.15mg/L，人體接觸8小時，安全使用臭氧可保證人的健康不受危害，臭氧應用一百多年來，沒有發生過中毒死亡事件，當濃度達到1~10mg/L時，稱為刺激范圍；10mg/L以上時為中毒限。

臭氧是一種廣譜殺菌劑，可殺滅細菌繁殖體和芽孢、病毒、真菌等，并可破壞肉毒桿菌毒素。臭氧殺菌機制為通過氧化作用破壞微生物膜的結構而實現殺菌效果。臭氧首先作用于細胞膜，使膜構成成分受損傷而導致新陳代謝障礙。臭氧繼續滲透穿透膜并破壞膜內脂蛋白和脂多糖，改變細胞的通透性，導致細胞溶解、死亡。臭氧滅活病毒機制為通過氧化作用破壞病毒核糖核酸(RNA)或脫氧核糖核酸(DNA)。

巴氏消毒將分配系統純化水加熱到80℃正負3℃，升溫時間約60分鐘，循環保溫40~60分鐘，微生物被高溫殺死消毒完成，投入成本與運營成本比臭氧消毒高。

     消毒完成后把純化水罐水排掉，啟動純化水設備把純化水罐產滿水，開啟回水不合格閥，關閉回水合格閥，開啟供水泵把循環管道內消毒后純化水全部擠出后，系統開為自動運行。